L’évolution des organismes Une perspective épistémologique

Introduction générale (page 3)

Partie I

Sélection naturelle et optimisation : les fondements d’une analogie

Chapitre 1 (page 17) Origine et fondements de l’analogie

1] De l’économie à l’écologie, et de l’écologie à l’évolution

2] Les modèles d’optimisation : structure et concepts

3] Adaptationnisme et modèles d’optimisation

4] Une vision agentielle de l’évolution des organismes : Richard Dawkins

Chapitre 2 (page 45) De l’usage métaphorique à la dérivation d’une analogie

1] Position du problème

2] Le projet du darwinisme formel

2.1] L’équation de Price

2.2] Les liens formels et leurs implications conceptuelles

2.3] Expliquer le design des organismes

Chapitre 3 (page 81) Le théorème fondamental de Fisher

1] Formulation du théorème et signification générale des termes

2] Un théorème fondamental ?

2.1] Particules héréditaires, vecteur d’ordre : l’analogie avec la physique statistique

2.2] Un théorème valide

2.3] Un théorème vide de sens ?

3] La signification biologique du théorème

3.1] L’interprétation causale du théorème et le sélectionnisme génique

3.2] Le théorème fondamental à travers le prisme de l’interprétation de Grafen

3.3] La sélection naturelle comme « main invisible » et l’évolution des organismes

Partie II

De l’individu au collectif : la théorie de l’évolution sociale

Chapitre 4 (page 141) L’évolution de la coopération : une pierre d’achoppement pour l’analogie entre sélection et optimisation ?

1] La naissance de la tragédie

2] L’heuristique de la personnification

2.1] Un mode de raisonnement contrefactuel

2.2] L’écueil de la corrélation

Chapitre 5 (page 155) La règle d’Hamilton comme « règle pour l’action » des organismes

1] La mesure de la valeur en biologie

1.1] De la parenté à la relatedness : le concept de fitness inclusive

1.2] Mécanismes d’assortiment et reconnaissance phénotypique : le rôle de la parenté

2] Les bases de la sémantique sociale

2.1] Altruisme, réciprocité et bénéfices mutuels

2.2] Stratégies conditionnelles et stratégies inconditionnelles

Chapitre 6 (page 189) L’essor et les fondements de la théorie multiniveaux

1] Les concepts de la théorie multiniveaux

1.1] Dériver l’équation de Price multiniveaux

1.2] Altruisme fort et altruisme faible

2] Les présupposés métaphysiques de l’analogie de l’agent maximisateur

2.1] Le sophisme de la moyenne

2.2] La pensée typologique ou le sophisme de la persistance

3] Défaire les amalgames

Chapitre 7 (page 225) Les conditions de la sélection à l’échelle des groupes

1] Perspectives multiniveaux, individualiste et agentielle

1.1] Interprétation réaliste vs interprétation pluraliste

1.2] L’équivalence mathématique des perspectives individualiste et multiniveaux

1.3] Le test de la mutation de Len Nunney (1985)

2] De la logique à l’ontologie : le groupe comme unité d’adaptation

2.1] Les groupes comme classes d’équivalence et l’obstacle de la viscosité

2.2] L’analyse contextuelle : une redéfinition acceptable de l’hypothèse multiniveaux ? 

2.3] Fitness inclusive, sélection de groupe et adaptation de groupe

Partie III

De la socialité à l’organismalité

Chapitre 8 (page 285)  Les dimensions de l’organisme

1] Le continuum de l’organisme

1.1] La conception de Wilson et Sober (1989) 

1.2] Le modèle de Reeve et Hölldobler (2007) 

1.3] L’écueil de l’altruisme faible

1.4] Le continuum de l’eusocialité

2] Des multiples dimensions de l’organisme au « syndrome » de l’organismalité

2.1] Pluralité des critères et approche physiologique

2.2] La multidimensionalité de l’organisme

2.3] Organisme et superorganisme

2.4] Le syndrome de l’organisme

Chapitre 9 (page 315) De la stabilité à l’héritabilité

1] À quelles conditions y a-t-il héritabilité à l’échelle des groupes ?

1.1] Controverse sur le concept d’héritabilité collective

1.2] Deux sens d’héritabilité collective

1.3] L’héritabilité dans l’équation de Price multiniveaux

2] L’émergence d’une héritabilité collective : le cas de la multicellularité

2.1] Le modèle général de Richard Michod (1999) 

2.2] Deux « écoles » : le rôle du bottleneck dans l’émergence des organismes multicellulaires

2.3] L’émergence d’une héritabilité de type H_C2 et la ségrégation de la lignée germinale

Chapitre 10 (page 347) Alignement et robustesse : l’organisme envisagé à travers le prisme de l’analogie de l’agent maximisateur

1] Formaliser l’organisme en contexte darwinien : l’approche de Gardner et Grafen (2009) 

1.1] Clonalité et répression des conflits

1.2] Discussion critique

2] Les multiples facettes de l’organismalité

2.1] La structure des conflits

2.2] Retour sur l’eusocialité avec un cas d’étude (comparée) : Apis vs Melipona

2.3] Minimiser les asymétries dans les intérêts inclusifs des individus au sein des groupes : l’imposition d’un « voile d’ignorance » 

2.4] L’organisme comme soi-multiple

Conclusion générale (page 411)

Bibliographie (page 415)