La fabrique du cerveau Les dessous d’un laboratoire de neuro-imagerie

Introduction (page 3) L’IRM : quels enjeux techniques et sociaux ?

1] Cartographie du cerveau : de la paillasse à l’écran

2] L’observation des pratiques

3] Méthodes et lieux de l’enquête

4] Structure du livre

Chapitre 1 (page 11) Images, cartes, atlas et régimes d’objectivité en science

1] Atlas et objectivité

2] Image numérique et engagement de l’observateur

3] Le cerveau et l’exploration des fonctions

4] L’esprit incarné

Encadré : Le sujet cérébral

5] De la lésion à l’image

6] La neuro-informatique

7] La carte du cerveau

7.1] Neuro-image et cartographie des fonctions cérébrales

7.2] Les atlas statistiques et probabilistes du cerveau

Encadré : Atlas et « normalité »

8] L’atlas du cerveau à l’ère de la neuro-informatique : quelle nouvelle objectivité ?

Chapitre 2 (page 33) IRM : l’expérience de laboratoire

1] Le centre IRMf

1.1] Les locaux

1.2] La machine et quelques principes de fonctionnement de l’IRM

1.3] Les types de données

1.4] Les ingénieurs de recherche du centre IRM

Encadré : Jacques : le responsable du centre IRM

1.5] L’ingénieur comme garant de l’ordre technique et social

1.6] L’accès au centre IRM et l’acceptation du projet de recherche

1.7] La RMN (réunion mensuelle de neuro-imagerie)

1.8] La manip pilote

2] L’adaptation de la question de recherche et la conception des tâches cognitives

2.1] Étude IRMf sur l’autorégulation alimentaire

2.2] Concevoir une tâche « élégante »

2.3] Localiser les zones impliquées dans l’accumulation d’informations spatiales et temporelles

2.4] Le rôle des stimuli dans la localisation des processus cognitifs

2.5] Choix et fabrication de stimuli émotionnels

Encadré : Les émotions de base au travers des expressions faciales d’Ekman et Friesen

2.6] La reconnaissance d’objets « contextuels » et « émotionnels » chez les autistes

3] La recherche in vivo et le recrutement des « sujets »

3.1] Le sujet expérimental « volontaire »

Encadré : L’anecdote sur l’étude du tabagisme

3.2] Les « patients »

3.3] Les primates non humains

3.4] Le sujet « parfait »

3.5] Le sujet dans le groupe

Encadré : Le groupe de sujets

3.6] L’exception : le sujet « professionnel »

4] Instrumentation et bricolage

Chapitre 3 (page 81) Du signal IRM à la carte fonctionnelle du cerveau

1] L’acquisition des images

2] Le « contrôle qualité » ou le débruitage des images

3] Le traitement des données

3.1] Le prétraitement

3.2] L’explication de la « recette »

3.3] Choisir les ingrédients selon les circonstances

3.4] Bricoler des données

3.5] Étude en IRM pour localiser les aires cérébrales impliquées dans une tâche conflictuelle

Encadré : Bricolage ou fraude ?

3.6] Analyses statistiques et création des cartes

4] Choisir ses cartes pour s’adresser à un public profane

4.1] Cartographier le cerveau au travers des technologies paléolithiques

Chapitre 4 (page 109) Les bases de données dans la production de cartes du cerveau

1] Crise dans les neurosciences

1.1] Faiblesse du pouvoir statistique et biais de publication

Encadré : La « malédiction du vainqueur »

2] La solution du côté des données

2.1] Big Data et recherche scientifique

2.2] Neurosciences et bases de données

Encadré : Bases de données et images « rares »

2.3] Méta-analyses et reviews

3] Discovery science et transition épistémologique

4] Les bases de données dans l’étude de l’anatomie cérébrale

5] Standardisation versus variabilité des données

5.1] Tester la compatibilité des images

Encadré : L’hétérogénéité des données fonctionnelles

6] Données brutes versus données traitées

6.1] Segmenter les cerveaux en régions

7] Exploration versus expérimentation

7.1] Définir la variable « diagnostic »

7.2] Comparer les groupes

7.3] « Vibration of effects », alias bricolage des données

7.4] Les cartes des réseaux et la théorie des graphes

Encadré : Une nouvelle description du cerveau

8] Opacité versus transparence

8.1] Annoncer les résultats

8.2] L’omission des résultats contradictoires

Encadré : Cycle de vie d’une anomalie

8.3] L’omission des « métadonnées »

8.4] Alimenter une base de données

9] Conclusions

9.1] Coexistence de deux éthos scientifiques

9.2] Science des données : une nouvelle épistémologie ?

Encadré : Une lettre ouverte à la Commission européenne

9.3] La classification comme activité génératrice de connaissance

Chapitre 5 (page 157) La morphométrie du cerveau à l’époque de la neuro-informatique

1] Caractériser l’anatomie des sillons chez les enfants autistes

2] Récupération et fabrication des données « brutes »

2.1] Du diagnostic à la recherche fondamentale : deux cultures scientifiques de l’image

2.2] Revues de médecins, revues de chercheurs

2.3] Les images IRM comme objets-frontière ?

2.4] Constitution du groupe « contrôle » et implications dans la définition du cerveau « normal »

Encadré : L’anomalie dans la définition du « normal » et du « pathologique »

3] Extraction du « masque »

4] Définition des sillons

5] Production des cartes

Encadré : Le choix des images

6] Le logiciel de Jérôme

6.1] Le modèle des racines sulcales

6.2] Le cerveau comme objet géométrique

6.3] Du modèle à la parcellisation automatique

6.4] La parcellisation dans la caractérisation du réseau fonctionnel

Encadré : Le réseau comme biomarqueur

6.5] La valeur fonctionnelle de parcelles anatomiques

7] Conclusions

7.1] Le cerveau comme objet bio-informatique

7.2] Objectivités en acte

Chapitre 6 (page 201) L’explication cérébrale du « social »

1] Les neurosciences sociales

Encadré : Le contexte intellectuel français

2] La cartographie de la cognition sociale : l’émergence de la fonction par la lésion

2.1] Le cas de Phineas Gage

2.2] Phineas Gage en 3D

3] Le cerveau social

3.1] Les structures cérébrales du « social »

3.2] La fonction du cerveau social : de l’intelligence sociale…

3.3] …à l’intelligence émotionnelle

4] La moralité des émotions

4.1] La cartographie du dégoût

4.2] Le cas de l’empathie

4.3] ] Les neurones miroirs et le substrat neuronal de l’empathie

4.4] Empathie et neuro-imagerie

Encadré : Le manque d’empathie comme explication du comportement antisocial

5] Empathie et cerveau « sexué »

5.1] Les dispositifs mobilisés dans la quantification des différences entre les (deux) sexes

5.2] D’autres marqueurs utilisés pour la cartographie du cerveau féminin

6] Conclusion

6.1] La morale peut-elle être inscrite dans le corps ?

6.2] Les émotions : des objets politiques

Conclusion (page 237) Cartographier le cerveau à l’ère du numérique

Bibliographie (page 241)