La reconstruction phylogénétique Concepts et méthodes (Nouvelle édition revue et augmentée)

Sous la direction de Pierre Darlu & Pascal Tassy, avec la collaboration de Cyril d’Haese & René Zaragueta i Bagils
Collection : Sciences & philosophie

Prix de souscription jusqu'au 14 déc. 2018 : 22 € au lieu de 29 €.

En vente dès maintenant avec une remise “souscription” de 25 %, soit 22 €, frais de port inclus, valable jusqu’au 14 décembre 2018, au lieu de 29 €. Vous pouvez précommander ce livre au tarif réduit sur ce site par chèque ou CB, comme une commande habituelle. Le livre sera posté aux souscripteurs dès parution après la mi-décembre 2018.

22,00 €

  • Livre papier
Délais moyens : France métropolitaine (3 jours ouvrés) ; DOM-TOM (7 à 10 jours ouvrés) ; Autres pays (7 à 15 jours ouvrés).
Paiement sécurisé
Livraison offerte

Les arbres évolutifs, ou phylogénies, racontent une histoire, l’histoire des êtres vivants, de leur morphologie et de leurs gènes, mais aussi, l’histoire des langues, des textes, des faits culturels ou même des idées. Ces arbres sont avant tout des hypothèses sur les liens de parentés qui exigent réflexions à la fois sur les faits et sur les méthodes. Ce livre définit les concepts fondamentaux de la reconstruction phylogénétique. Il explique la nature et la diversité des approches pratiquées depuis leurs balbutiements au XIXe siècle jusqu’à nos jours. Il insiste, de manière pédagogique et aussi objectivement que possible, sur leurs performances et leurs limites, en fonction de la nature des données étudiées.

Cet ouvrage constitue une version largement augmentée de La Reconstruction phylogénétique. Concepts et méthodes publié en 1993 dans la collection « Biologique théorique » des éditions Masson. Il tient donc compte des méthodes et débats qui ont marqué l’évolution rapide de la discipline ces vingt-cinq dernières années.

Il s’adresse aux étudiants des 1er, 2e et 3e cycles et aux chercheurs non spécialistes de phylogénie mais désireux de connaître l’état actuel de la question.

Titre La reconstruction phylogénétique
Sous-titre Concepts et méthodes (Nouvelle édition revue et augmentée)
Édition 2e édition revue et augmentée
Date de publication Décembre 2018
Sous la direction de Pierre Darlu & Pascal Tassy, avec la collaboration de Cyril d’Haese & René Zaragueta i Bagils
ISBN 978-2-37361-172-4
eISBN 978-2-37361-173-1
Support papier et ebook
EAN13 Papier 9782373611724
EAN13 PDF 9782373611731
EAN13 ePub 9782373611748
Nombre de pages 430
Nombre de figures 141
Dimensions 16,4 x 24 cm
Prix livre papier 22 € jusqu'au 14 décembre, puis 29 €
Prix eBook PDF 14,99 €

Introduction (page x)

Chapitre 1 (page x) De la généalogie à la phylogénie

1] De Lamarck à Haeckel (page x)

2] L’arbre phylogénétique (page x)

3] Quelques définitions majeures (page x)

3.1] Les sommets (page x)

3.2] Les liens (page x)

3.3] Réseaux et arbres (page x)

3.3.1] Le réseau (page x)

3.3.2] L’arbre (page x)

3.4] Variétés d’arbres (page x)

4] Combien d’arbres ? (page x)

Chapitre 2 (page x) Brève histoire de la problématique phylogénétique

1] Le « triple parallélisme » (page x)

1.1] L’anatomie comparée (page x)

1.2] L’ontogénie (page x)

1.3] La paléontologie (page x)

2] Le concept de ressemblance (page x)

Chapitre 3 (page x) Les objets de la phylogénétique : caractères et taxons

1] Les caractères (page x)

2] Les taxons (page x)

2.1] L’espèce et les taxons infra-spécifiques (page x)

2.2] Taxons supra-spécifiques (page x)

2.3] Du taxon spécifique aux UE (page x)

Chapitre 4 (page x) La méthode cladistique

1] Qu’est-ce que l’analyse cladistique ? (page x)

1.1] Apomorphie, plésiomorphie et groupes naturels (page x)

1.2] Images cladistiques (page x)

1.3] Cladogramme et arbre phylogénétique (page x)

1.4] Ancêtres (page x)

2] Homologie et orthologie (page x)

2.1] Définition et critères de l’homologie (page x)

2.2] Homologie dans le cas de séquences (page x)

2.2.1] L’alignement multiple (page x)

2.2.2] L’homologie dynamique (OD) (page x)

2.2.2.1] Le principe de l’OD (page x)

2.2.2.2] La méthode (page x)

2.2.2.3] Un exemple pratique en parcimonie (page x)

2.2.2.4] Choix des jeux de paramètre par analyse de sensibilité (page x)

2.2.2.5] Discussion (page x)

3] Méthode et empirisme (page x)

3.1] Le principe de parcimonie (page x)

3.2] La notion de congruence (page x)

4] Les critères d’identification du sens de transformation des caractères (page x)

4.1] Le critère de comparaison extra-groupe (page x)

4.1.1] Combien d’extra-groupes ? (page x)

4.1.2] Le choix des extra-groupes et les limites d’application du critère (page x)

4.2] Le critère ontogénique (page x)

4.2.1] La reformulation de la « loi biogénétique » (page x)

4.2.2] Réfutation et parcimonie (page x)

4.2.3] la paedomorphose et l’exception à la règle (page x)

4.3] Les critères paléontologique et chorologique (page x)

4.3.1] Le critère paléontologique (page x)

Lignées paléontologiques (page x)

Lignées et cladogrammes (page x)

4.3.2] Le critère de progression chorologique (page x)

4.4] Polarisation et construction cladistique (page x)

4.5] Le cladogramme et la dimension temporelle (page x)

4.5.1] L’introduction des données extrinsèques (page x)

4.5.2] Le critère de cohérence clado-stratigraphique (page x)

4.5.3] Hiérarchie et partition (page x)

Chapitre 5 (page x) Les procédures de parcimonie

1] La recherche de l’arbre le plus court (page x)

1.1] Modèles de parcimonie (page x)

1.1.1] Parcimonie de Wagner (page x)

1.1.2] Parcimonie de Camin-Sokal (page x)

1.1.3] Parcimonie de Dollo (page x)

1.1.4] Parcimonie, longueur de l’arbre et sens de l’évolution (page x)

1.2] Algorithmes exacts et heuristiques (page x)

1.2.1] La procédure de parcimonie (page x)

1.2.2] Méthode, algorithme et arbre de Wagner (page x)

1.2.3] Algorithmes exacts (page x)

1.2.4] Algorithmes heuristiques (page x)

1.3] Longueur de l’arbre, longueur des branches et optimisation des caractères (page x)

1.4] Localisation des homoplasies (page x)

2] Les caractères : codage, optimisation, pondération (page x)

2.1] Caractères binaires et états multiples (page x)

2.1.1] Caractères binaires (page x)

2.1.2] Caractères à états multiples (page x)

2.1.2.1] Relations non ordonnées (= non additives) (page x)

2.1.2.2] Relations ordonnées (= additives) (page x)

2.1.3] Codage binaire des séries de transformations (factorisation) (page x)

2.1.3.1] Exemple 1. La série linéaire additive (page x)

2.1.3.2] Exemple 2. La série non linéaire additive (page x)

2.1.3.3] Exemple 3. Un arbre de caractère à transformations orientées (page x)

2.1.3.4] Exemple 4. Caractère morphologique à états multiples (page x)

2.1.3.5] Exemple 5. Le codage en biologie moléculaire (page x)

2.1.4] Séries de transformations combinant additivité et non additivité (page x)

2.1.5] Polymorphisme (page x)

2.1.6] Analyse des caractères à états multiples selon la méthode du TSA (page x)

2.2] Caractères continus, discrétisation (page x)

2.2.1] Quelles hypothèses évolutives pour un caractère quantitatif ? (page x)

2.2.2] Les procédures de discrétisation (page x)

2.3] Pondération des caractères et des transformations (« parcimonie pondérée ») (page x)

2.3.1] Pondération des caractères (page x)

2.3.2] Pondération des transformations (page x)

2.4.3.1] Caractères discrets (page x)

2.3.2.2] Caractères moléculaires (page x)

2.3.2.3] Le problème des indels (page x)

3] L’enracinement de l’arbre (page x)

3.1] Racine et ancêtre (page x)

3.2] Racine, dichotomie, trifurcation et extra-groupe(s) (page x)

4] Mesures de l’homoplasie (page x)

4.1] Mesures de l’homoplasie (page x)

4.2] Pondération a posteriori des caractères (page x)

4.2.1] Pondération successive (« Successive weighting ») (page x)

4.2.2] Implied weighting (page x)

5] Les invariants (page x)

5.1] Les invariants de Cavender (page x)

5.2] Les invariants de Lake (page x)

6] L’évolution est-elle parcimonieuse ? (page x)

Chapitre 6 (page x) Les méthodes de compatibilité

1] Méthodes de compatibilité (page x)

1.1] La méthode (page x)

1.2] Compatibilité et parcimonie (page x)

1.3] Compatibilité et cladisme (page x)

2] L’analyse à trois taxons (page x)

2.1] Principe de l’analyse à trois éléments (page x)

2.2] La méthode 3ia (page x)

2.2.1] Définition des 3is (page x)

2.2.2] La pondération fractionnaire (« Fractional weight ») (page x)

2.2.3] Décomposition de caractères à états multiples (page x)

2.2.4] Données manquantes et données non applicables (page x)

2.2.5] Recherche des arbres optimaux (page x)

2.2.6] Mesures de soutien en 3ia (page x)

2.2.6.1] L’indice de cohérence (page x)

2.2.6.2] L’indice de rétention (page x)

2.3] Exemples comparatifs (page x)

2.3.1] Différences dans la transcription des observations (page x)

2.3.2] Différences en ce qui concerne la précision et l’interprétation (page x)

Chapitre 7 (page x) Les méthodes phénétiques

1] Historique (page x)

2] Similitude et distance (page x)

2.1] La notion de similitude et de distance (page x)

2.2] Indices de similitude et de distance fondés sur des attributs (page x)

2.2.1] Caractères où deux états seulement sont comparés (page x)

2.2.2] Caractères où plusieurs états sont comparés (page x)

2.3] Indices de distances fondées sur des données quantitatives (page x)

3] Distances patristique, observée, estimée (page x)

3.1] Distance patristique ou phylétique (page x)

3.2] La distance observée (page x)

3.2.1] Distance patristique et distance observée (page x)

3.2.2] Correction des distances observées (page x)

3.3] Distance estimée (page x)

3.4] évaluation des différences entre distances observées et patristiques (page x)

3.4.1] Critères métriques (page x)

3.4.2] Critères topologiques (page x)

4] Méthodes phénétiques de construction d’arbres (page x)

4.1] Les méthodes agglomératives (page x)

4.1.1] Les classifications hiérarchiques combinatoires (page x)

4.1.2] La méthode dite du « Neighbor-joining » (NJ) (page x)

4.2] Les méthodes d’ajustement (page x)

4.2.1] Le modèle (page x)

4.2.2] La construction de l’arbre (page x)

4.2.3] Quelques tests statistiques (page x)

4.2.3.1] Le test du taux relatif (page x)

4.3] Les méthodes de parcimonie (page x)

5] Arbre ou réseau : le neighborNet (page x)

6] Remarques et conclusions à propos des méthodes phénétiques (page x)

6.1] Similitude globale et caractères (page x)

6.2] Arbre : racine et branches (page x)

Chapitre 8 (page x) Les méthodes probabilistes

I - Le maximum de vraisemblance

1] Introduction (page x)

1.1] Généralités (page x)

1.2] Exemple d’estimation par ML (page x)

1.3] Exemple simple appliqué à la phylogénie (page x)

1.3.1] Le modèle d’évolution et les paramètres (page x)

1.3.2] Le calcul des vraisemblances, de leurs variations et de leur rapport (page x)

1.4] Conclusions (page x)

2] Modèle d’évolution de caractères quantitatifs (page x)

2.1] La solution de Felsenstein (page x)

2.2] La méthode du Treeness (page x)

3] Modèle d’évolution de caractères discrets (page x)

3.1] Généralités (page x)

3.2] Modèle d’évolution de type Poisson, fonction du temps (page x)

3.3] Modèle d’évolution indépendant du temps (page x)

3.4] Le modèle général appliqué à l’ADN et ses sous-modèles (page x)

3.5] Le modèle appliqué aux séquences d’acides aminés (page x)

3.6] Quelques tests (page x)

3.7] Quel modèle choisir ? (page x)

4] Parcimonie et vraisemblance (page x)

5] Parcimonie, vraisemblance et consistance (page x)

6] Conclusions (page x)

II - Les approches bayésiennes

1] Un exemple simple (page x)

2] Le modèle général (page x)

3] Exemple d’estimation de π par MC (page x)

4] Les stratégies utilisées dans l’approche bayésienne (page x)

5] Un exemple (page x)

Chapitre 9 (page x) Les méthodes comparatives

1] Le problème (page x)

2] Méthode des contrastes indépendants (page x)

3] Méthode de dépendance phylogénétique (page x)

4] Méthodes unifiées (page x)

5] Exemples (page x)

Chapitre 10 (page x) Méthodes de comparaisons de phylogénies

1] Comparaison d’arbres par sites appariés (page x)

1.1] Tests χ2 (page x)

1.2] Tests de vraisemblance (page x)

1.2.1] Le test statistique KH (page x)

1.2.2] Test statistique de vraisemblance avec réechantillonnage (test RELL) (page x)

1.2.3] Le test statistique de vraisemblance avec réechantillonnage (test SH) (page x)

2] Test d’incongruence entre deux ou plusieurs arbres (page x)

2.1] Le test ILD (page x)

2.2] Le test cRT (page x)

3] Comparaison de matrices de distance (page x)

3.1] Le test de Mantel (page x)

3.2] Le test PLD (Path Length Difference) (page x)

4] Comparaison de structures d’arbres (page x)

4.1] Comparaisons de paires de topologies (page x)

4.2] RF, SD ou NNI (page x)

4.3] Maximum Agreement Subtree (MAST) (page x)

4.4] Quartet differences (page x)

4.5] Corrélation entre les distances d’arbre (page x)

4.6] Mesures de distances d’arbre et leurs corrélations (page x)

5] Comparaisons d’un ensemble d’arbres (page x)

5.1] L’arbre de consensus strict (page x)

5.2] L’arbre-consensus d’Adams (page x)

5.3] L’arbre de consensus majoritaire (page x)

5.4] L’arbre de consensus gourmand (page x)

5.5] Pondération successive (page x)

6] Les méthodes de rééchantillonnage (page x)

6.1] Le Jackknife (page x)

6.2] Le bootstrap (page x)

6.3] Interprétation (page x)

7] Les méthodes de SuperTree (page x)

8] L’indice de Bremer (page x)

9] La coévolution (page x)

9.1] La Brooks Parsimony Analysis (BPA) (page x)

9.2] La méthode de Page (page x)

9.3] La méthode « jungles » de Charleston (page x)

9.4] Le test de coévolution de Legendre (page x)

9.5] La méthode de reconstruction par ABC (page x)

Conclusion (page x)

Références bibliographiques (page x)

Sur le même thème