Biosystema 32/2023 Taxinomie et évolution : permanence et actualité. Textes de Claude Dupuis (1927-2020)

Avant-propos Pascal Tassy, Patrick Martin et Guillaume Lecointre … 3

Article 1 Darwin et les taxinomies d’aujourd’hui … 11

1] Objectifs fondamentaux et stratégies de Darwin … 13

2] Classes, grades, systèmes et monophyla … 16

3] Coordination des catégories (ranking) … 21

4] Subordination des taxa (arrangement) … 26

4.1] Les matériaux de la taxinomie … 27

4.2] Les « recettes éprouvées » avant et après Darwin … 28

4.3] Les « bons principes » transformistes … 31

4.4] La chronologie, ou le piège du bon sens … 33

4.5] La bonne direction : du connu à l’inconnu … 35

4.6] Application et champ de validité du principe de synapomorphie … 38

5] Le statut épistémologique de la taxinomie depuis Darwin … 41

Article 2 La « systématique phylogénétique » de W. Hennig (historique, discussion, choix de références) … 47

1] Willi Hennig : De l’entomologie à la méthodologie … 51

1.1] Quelques témoins … 51

1.2] Des temps difficiles, une œuvre immense … 53

1.3] L’évolution d’une pensée … 54

1.4] Pour relire Hennig … 63

2] La diffusion des idées de Hennig … 64

2.1] La « longue marche » : 1948-1966 … 65

2.1.1] Les débuts du hennigisme en Europe … 65

2.1.2] La quarantaine américaine … 75

2.2] Les discussions « cladistes » depuis 1966 … 78

3] Licences et lacunes de l’information. Quelques tâches urgentes de synthèse … 87

4] La taxinomie hennigienne et les controverses générales de la systématique et de la biologie … 95

4.1] L’analyse des caractères … 96

4.1.1] Primat des caractères … 98

4.1.2] Caractères utilisables … 99

4.1.3] Nombre de caractères … 103

4.1.4] Homologie des caractères … 104

4.1.5] Variations parallèles … 107

4.1.6] Plésio-apomorphie … 108

4.2] La biogéographie … 112

4.2.1] Hennig … 113

4.2.2] Brundin … 115

4.2.3] Distributions gondwaniennes … 116

4.2.4] Le cladisme et les idées de Croizat … 117

4.2.5] Phylogénie et parasitologie … 118

4.3] Les classifications … 119

4.3.1] Dissymétrie des taxa frères … 120

4.3.2] Du nombre des catégories taxinomiques et des taxa … 121

4.3.3] Inclusion des fossiles dans les classifications cladistes … 123

4.3.4] L’âge et le rang des taxa … 126

4.4] L’évolution … 130

5] Conclusions … 133

Article 3 Homologie et caractères : quelques aspects biologiques … 159

1] Les caractères … 161

1.1] Les objets taxinomiques … 161

1.2] Les caractères considérés en tant que signes … 163

1.3] Les caractères en taxinomie diagnostique … 163

1.4] Les caractères selon la taxinomie phylogénétique … 164

1.5] La dette des phylogénéticiens envers la taxinomie classique … 166

- Calibrage

- Convergence

1.6] Subordination des caractères … 169

2] Homologie … 171

2.1] Homologie, le mot et la chose avant le darwinisme … 171

2.2] Homologie et transformisme … 174

2.3] La constatation des homologies et ses difficultés … 177

2.4] La temporalisation des états homologues des caractères … 179

2.5] La révolution opérationnelle en phylogénie … 180

2.6] La révolution biologique des niveaux d’intégration et les faits d’homologie … 181

3] Conclusion … 183

Article 4 Le taxinomiste face aux catégories … 189

1] Taxa et catégories, une distinction capitale … 193

1.1] L’introduction du concept de catégorie en taxinomie … 193

1.2] Ce qu’il faut entendre par taxa et catégories … 197

1.2.1] Les taxa … 198

1.2.2] Les catégories … 201

1.3] Rapports numériques entre taxa et catégories … 204

1.3.1] Notions opératoires relatives aux taxa … 204

1.3.2] Calcul des nombres des taxa et des catégories … 206

- Dichotomie déséquilibrée

- Dichotomie équilibrée

- Édifice équilibré de raison r = 10

1.3.3] Remarques historiques et méthodologiques … 209

1.3.4] Résumé synoptique … 212

1.4] Les confusions entre taxa et catégories … 212

1.4.1] Les noms propres permettent d’échapper à la confusion … 213

1.4.2] Les termes collectifs mal utilisés entraînent d’inextricables confusions … 213

2] La taxinomie en images … 215

2.1] Les diverses représentations imagées de la taxinomie … 215

2.2] L’armoire taxinomique traditionnelle … 221

3] Les catégories d’hier et d’aujourd’hui … 227

3.1] Remarques préliminaires … 228

3.2] Les ambiguïtés de Linné … 233

3.2.1] Les catégories chez Linné … 233

3.2.2] Les taxa chez Linné … 234

3.3] Deux siècles d’incertitudes … 236

3.3.1] L’ajustement intuitif des taxa et des catégories … 237

3.3.2] La « méthode naturelle » … 239

3.3.3] Le transformisme velléitaire … 240

3.4] Le réveil de la taxinomie … 243

3.4.1] Les circonstances du réveil … 244

3.4.2] L’héritage : des taxa pour tous les goûts … 246

3.5] Les conflits actuels … 248

3.5.1] La solution généalogique … 248

3.5.2] La solution phénétique … 250

3.5.3] La solution gradiste … 252

4] L’avenir des catégories … 257

4.1] Le compromis de Darwin … 257

4.2] Les catégories appliquées aux taxa d’extrapolation … 259

4.2.1] Prolifération moderne des catégories … 260

4.2.2] Formalisation extrême des catégories … 262

4.3] Les catégories appliquées aux taxa d’expérimentation … 266

4.4] Les limites d’un compromis raisonnable … 269

5] Résumé et conclusions … 271

5.1] Histoire … 271

5.2] Épistémologie … 272

5.3] Terminologie et langues … 273

5.4] Méthodologie, pédagogie et pratique … 274

Article 5 Regards épistémologiques sur la taxinomie cladiste … 287 

Remerciements et souhaits pour la XI^e session de la Willi Hennig Society … 290

1] Options fondatrices et synthèse de Hennig … 294

2] Les obstacles persistants … 300

3] La place de la taxinomie dans l’espace du savoir … 303

3.1] La dimension de l’histoire … 303

3.2] La dimension des cultures … 305

3.3] La dimension des disciplines savantes … 309

4] Conclusions … 312

Article 6 La volonté d’être entomologiste… … 321