Biosystema 31/2018. Introduction aux méthodes comparatives phylogénétiques

Sous la direction de Paul Zaharias & Malcolm T. Sanders
Journal : Biosystema

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Le 25 octobre 2017, la Société française de systématique a organisé la première conférence française entièrement consacrées aux méthodes comparatives phylogénétiques (ou PCM en anglais). Ce terme désigne habituellement une approche analytique basée sur la comparaison de différents objets biologiques pour lesquels il est indispensable de prendre en compte la non-indépendance des organismes, c’est-à-dire le contexte phylogénétique. Derrière cette définition large se cachent plus de quarante ans de développement d’une discipline qui a bouleversé les pratiques en biologie de l’évolution. Si la littérature des PCM ne cesse de croître, en particulier depuis les années 2000, ces méthodes peuvent parfois paraître obscures aux non-spécialistes du domaine. Cette incompréhension peut être expliquée en partie par le fait que le langage même des PCM – issu principalement des statistiques – constitue un obstacle pour beaucoup de biologistes. Ce numéro de Biosystema fait le point sur ces méthodes.

Authors Fabien L. Condamine, Jorge Cubo, Yves Desdevises, Lucas J. Legendre, Serge Morand, Emmanuel Paradis, Malcolm T. Sanders , Paul Zaharias
Title Biosystema 31/2018.
Subtitle Introduction aux méthodes comparatives phylogénétiques
Edition 1re
Published Novembre 2018
Editors Paul Zaharias & Malcolm T. Sanders
ISSN 1142-7833
ISBN 978-2-37361-188-5
eISBN 978-2-37361-189-2
Support papier et pdf
EAN13 paperback 9782373611885
EAN13 ebook 9782373611892
Number of pages 98
Number of illustrations 27
Dimensions 170 x 240
Paperback price 20 €
Ebook price 12,99 €

Avant-propos, par Paul Zaharias & Malcolm T. Sanders … 7

De la méthode comparative à la méthode comparative évolutive, par Serge Morand … 9

1] Méthodes expérimentales et méthodes comparatives

2] Relier « pattern and process »

3] Évolution convergente et la méthode comparative évolutive

4] Principe de parcimonie et principe de cause commune

5] La méthode comparative évolutive

6] Retour vers l’anatomie comparative : l’évo-dévo

7] Vers une écologie et anthropologie évolutives

Introduction générale aux méthodes comparatives phylogénétiques, par Yves Desdevises … 23

1] Principaux types de méthodes comparatives

1.1] Modèles

1.2] Signal phylogénétique

1.3] Méthodes comparatives

2] Le futur

Introduction pratique aux modèles linéaires phylogénétiques, par Lucas J. Legendre  … 43

1] Matériel et méthodes

2] Modèle linéaire et PCM

3] Les modèles et tests effectués sur notre jeu de données

4] Résultats et discussion

5] Conclusion

Signal phylogénétique, par Jorge Cubo … 59

Diversification, innovation clé et caractères d’intérêt : l’exemple du rôle de l’eusocialité sur la diversification des termites (Insectes : Dictyoptères), par Frédéric Legendre & Fabien L. Condamine … 69

1] Introduction

1.1] Dynamique de diversification et approches phylogénétiques

1.2] Eusocialité et dynamique de diversification

2] Matériels et méthodes

2.1] Arbre phylogénétique

2.2] Caractères d’intérêt et analyses de diversification caractère-dépendantes

2.3] Analyses de diversification « temps- et clade-dépendante »

3] Résultats et discussion

3.1] Dynamique de diversification

3.2] Caractères d’intérêt et échantillonnage

APE, logiciel pour la phylogénétique et l’évolution : passé, présent et avenir, par Emmanuel Paradis … 85

1] Historique

2] Utilisations de APE

3] APE en pratique

4] Perspectives