La face cachée des cellules Quand le monde des ARN bouscule la biologie

Sigles (p. 5)

Préface de François Gros (p. 7)

Introduction (p. 13)

Chapitre 1 (p. 25) La découverte d’un monde d’ARN régulateurs

1] La régulation de l’expression génétique par les ARN : les étapes précoces

1.1] Une découverte post-mature ?

1.2] Des modèles précoces d’une régulation par les ARN

2] L’inhibition génique chez les plantes transgéniques

2.1] La mise en évidence de la cosuppression

2.2] Complexité des faits et diversité des modèles théoriques

2.3] Les apports des recherches sur la résistance aux infections virales

3] La découverte de l’interférence ARN

3.1] De la stratégie antisens à l’interférence ARN chez le nématode

3.2] Une découverte récompensée, un prix Nobel controversé

3.3] La découverte du mécanisme moléculaire de l’interférence ARN

Les apports des analyses biochimiques

Les apports des analyses génétiques

4] La découverte des microARN

4.1] Lin-4, premier microARN identifié chez le nématode

4.2] Un monde de microARN

5] La diversité des voies de l’interférence ARN

5.1] Des convergences entre phénomènes biologiques

5.2] Vers une diversification des modèles théoriques

Chapitre 2 (p. 83) Les stratégies d’investigation et de découverte dans la biologie post-génomique

1] Démarches hypothético-déductive et exploratoire

2] ARN non codants et expériences exploratoires

2.1] Étudier les microARN par des stratégies exploratoires

2.2] La nécessité d’une démarche exploratoire

2.3] Des démarches d’investigation variées

2.4] Des expériences exploratoires pour révéler la complexité des transcriptomes

3] La découverte des mécanismes moléculaires à l’ère post-génomique

3.1] La caractérisation du phénomène, préalable à la découverte du mécanisme ?

3.2] Conservation et diversification des mécanismes

Chapitre 3 (p. 109) Une révolution scientifique ?

1] La découverte des ARN non codants : trois « révolutions »

2] Le concept de révolution scientifique dans les sciences du vivant

2.1] ARN non codants : excès d’interprétation et effet de mode

2.2] Le concept de révolution appliqué à la découverte des ARN non codants

3] La découverte de l’interférence ARN : quels apports ?

3.1] Apports thérapeutiques

3.2] Apports techniques

3.3] Apports théoriques

Vers une révision des concepts centraux de l’immunologie ?

Vers une conception étendue de l’immunité ?

4] La découverte d’un monde d’ARN non codants : un changement de paradigme ?

4.1] Les ARN non codants et le dogme central

4.2] La remise en question d’une vision du vivant centrée autour des protéines ?

5] Les ARN non codants et la révolution de l’épigénétique

5.1] ARN non codants, épigénétique et dogme central

5.2] ARN non codants et hérédité épigénétique transgénérationnelle

Chapitre 4 (p. 153) Les ARN non codants et le concept de gène

1] La complexité des transcriptomes : défis pour le concept de gène

1.1] Un réseau complexe et enchevêtré de transcrits

1.2] Le concept de gène en difficulté

2] Au-delà du gène : la diversité des éléments génétiques fonctionnels

2.1] Une distribution des fonctions génomiques en dehors des gènes

La diversité des séquences exprimées

La diversité des éléments génétiques fonctionnels

La régulation de l’expression génétique : au-delà des gènes

2.2] Le concept de gène et la diversité des éléments génétiques fonctionnels

3] Intégrer la dimension historique des génomes

3.1] Des relations complexes entre les catégories d’éléments génétiques

3.2] Le génome multitâche

3.3] Le concept de gène et la dimension historique des génomes

4] Décrire les relations entre génotype et phénotype à l’ère post-génomique

4.1] Premier niveau d’étude : les domaines de l’ADN

4.2] Deuxième niveau d’étude : les produits fonctionnels issus des génomes

4.3] Troisième niveau d’étude : la régulation de l’expression génétique

4.4] Quatrième niveau d’étude : le génome dans son contexte environnemental

Chapitre 5 (p. 195) Les ARN non codants et le discours informationnel 

1] Le concept d’information en biologie : perspective philosophique

2] Les limites du discours informationnel : au-delà de la synthèse protéique

2.1] Information et code : une histoire de synthèse protéique

2.2] Séquences codantes et non codantes : une ambiguïté à tous les niveaux

2.3] Dépasser la dichotomie entre séquences codantes et non codantes

ADN codant et ADN non codant

ARN codants et ARN non codants

3] Les limites du discours informationnel : au-delà de la séquence

3.1] Le discours informationnel : priorité aux propriétés de séquence

3.2] L’importance de la structure tridimensionnelle des ARN

3.3] L’épigénétique : au-delà des propriétés de séquence

L’épigénétique : une réfutation de l’hypothèse de la séquence

L’épigénétique et le discours informationnel : une relation ambiguë

Chapitre 6 (p. 233) Expliquer le rôle régulateur des ARN : au-delà des mécanismes

1] Expliquer avec le concept de mécanisme

1.1] Une alternative au modèle déductif-nomologique

1.2] Machine et mécanisme : perspective historique

1.3] Machine et mécanisme : perspective contemporaine

2] Au-delà du concept de mécanisme : des explications quantitatives

2.1] Les populations moléculaires et leurs propriétés quantitatives

2.2] Expliquer quantitativement le rôle régulateur des ARN

2.3] Explications mécanistes et explications quantitatives

3] Au-delà du concept de mécanisme : des explications systémiques

3.1] L’importance des interconnexions entre processus biologiques

3.2] Expliquer le rôle régulateur des ARN à l’échelle systémique

4] Quel statut pour le concept de mécanisme ?

4.1] Pour une approche pluraliste des explications

4.2] La valeur épistémique du concept de mécanisme

4.3] Quelles perspectives pour le concept de mécanisme ?

5] Explications causales et non causales

5.1] Explications non causales et fonction des microARN

5.2] Articuler les explications causales et non causales

Conclusion générale (p. 275)

Glossaire (p. 281)